ÚGBR CBRB SAV udržuje blízku spoluprácu so Slovenskými univerzitami a vysokými školami na úrovni odborných prednášok a praktických cvičení ako aj na úrovni vedenia bakalárskych, diplomových a doktorandských dizertačných prác. Ústav taktiež ponúka konzultácie ako aj posudkové služby v oblastiach jeho zamerania a výskumných aktivít.

Najintenzívnejšiu spoluprácu vyvíja ÚGBR CBRB SAV s nitrianskymi univerzitami - Slovenskou poľnohospodárskou univerzitou v Nitre a Univerzitou Konštantína Filozofa v Nitre, s ktorými bola v roku 2013 podpísaná zmluva o partnerstve. Zmluva bola podpísaná v rámci spoločného projektu ŠF „Vybudovanie výskumného centra AgroBioTech", ktorého hlavným zámerom je vytvorenie regionálneho kompetenčného centra aplikovaného výskumu a vývoja v oblasti agro-bio-technológií v Nitre (AgroBioTech), ktoré integruje špičkový aplikovaný výskum prostredníctvom partnerstva uvedených inštitúcií.

Dohoda o vzájomnej spolupráci bola uzatvorená aj s Prešovskou univerzitou v Prešove. Jej cieľom je zintenzívniť a prehĺbiť spoluprácu oboch inštitúcií vo výskumnej, vzdelávacej a realizačnej činnosti pri uplatňovaní získaných výsledkov v spoločenskej praxi.

Rámcové dohody o spolupráci v doktorandskom štúdiu boli uzatvorené s Fakultou biotechnológie a potravinárstva a Fakultou agrobiológie a potravinových zdrojov Slovenskej poľnohospodárskej univerzity v Nitre a s Prírodovedeckou fakultou Univerzity Komenského v Bratislave.